做食管內鏡超聲檢查一般不會產生疼痛，但可能會有不適感。食管內鏡是臨床上比較常見的一種檢查方式，屬于一種微創技術，主要用于檢查食管、胃部、腸道等方面的疾病。

食管內鏡通常是指電子胃鏡，是通過口腔或者鼻腔插入胃鏡，通過其前端的攝像頭將胃鏡從口腔直接觀察到食管、胃部等器官的內部狀態，可以有效觀察到病變，并且醫生可以在直視下取多種樣本，進行活組織病理學檢查。在做檢查時，由于醫生會將細小的內鏡從口腔或鼻腔插入，所以整個過程患者可能會感到不適，但不會產生疼痛。但若患者自身存在咽喉炎、扁桃體炎等疾病，可能會導致咽喉部位出現水腫、充血等現象，在做檢查時可能會刺激到水腫、充血部位，從而出現疼痛感。

此外，對于精神過度緊張、恐懼的患者，在做食管內鏡時可能會出現惡心、嘔吐等癥狀，一般會在檢查后自行緩解。建議患者做食管內鏡檢查前不要進食，若檢查后出現持續咽喉疼痛的現象，可以到醫院的耳鼻喉科就診，由醫生明確具體原因并給予針對性的處理。