胃腸超聲檢查能代替胃鏡檢查，但是有時也會產生沖突，因為胃鏡是硬質的管狀器械，而胃腸超聲檢查是一種新型的醫學影像學檢查技術，兩者在診斷胃腸疾病時各有優缺點，可以互相補充，而不能相互替代。

1、胃鏡：胃鏡是診斷上消化道疾病的常用手段，可以直接觀察出食道、胃和十二指腸的病變，可以協助明確是否有慢性胃炎、胃潰瘍等疾病，還可以夾取胃黏膜組織進行病理檢查。此外，胃鏡也可以用于食管、十二指腸球部和降部交界處病變的診斷，如食管癌、胃癌、賁門癌等。而且胃鏡檢查的范圍比較大，可以詳細觀察出食管、胃和十二指腸的病變，還可以夾取食管內組織進行活檢檢查，所以胃鏡檢查一般會替代胃腸超聲檢查;

2、超聲胃鏡：超聲胃鏡是一種新的醫學影像學檢查技術，利用超聲技術觀察胃內結構以及病變情況，可以清晰顯示消化道管壁的微小病變，如早期胃癌、非典型增生等，也可以通過超聲內鏡引導下的病理活檢檢查，進一步明確病變性質。超聲胃鏡檢查比較安全，沒有痛苦，也沒有創傷，可以代替胃鏡檢查的作用;

3、磁共振成像：磁共振成像是應用磁共振原理所進行的檢查，通過磁共振成像檢查可以觀察到食管、胃和十二指腸等上消化道器官的病變情況，對于腫瘤等疾病的診斷有明顯的優勢。而且由于其成像技術的提高，還可以對部分器官組織進行掃描，能夠達到較好的診斷效果;

4、CT：CT檢查是應用X射線斷層顯影對人體進行掃描，可以直觀地看到器官結構以及病變情況。CT檢查可以對消化系統進行檢查，并且具有較高的靈敏度，可以發現較小的病灶，所以胃腸超聲檢查也可以代替CT檢查。