食道超聲波內鏡檢查屬于無創檢查，檢查過程中，一般沒有明顯的副作用。但是少數患者可能會出現惡心、嘔吐、胸骨后燒灼感、輕微疼痛等副作用，需要積極進行處理。

1、惡心、嘔吐：在進行食道超聲波檢查時，檢查者在進食后，食物會進入食管，刺激食管黏膜，引起惡心、嘔吐等癥狀。建議患者在檢查前6小時內禁食，有利于檢查的進行;

2、胸骨后燒灼感：食道超聲波內鏡檢查時，若醫生操作不當，可能會對食管黏膜造成一定的損傷，產生胸骨后燒灼感。一般不需要特別處理，休息一段時間后可以緩解;

3、輕微疼痛：由于食道超聲波內鏡是通過口腔進入食管內，進行檢查，所以可能會刺激食管黏膜，患者出現輕微疼痛感。但是疼痛一般可以耐受，不會特別劇烈;

4、咽喉疼痛：食道超聲波內鏡檢查時，若醫生操作不當，在對咽喉黏膜進行刺激時，可能會引起咽喉疼痛。但是這種疼痛一般不會持續過久，等到檢查結束后，疼痛癥狀就會消失。

除了上述副作用外，少數患者進行食道超聲波內鏡檢查后，還可能會出現水腫、充血等癥狀。但是這些癥狀不會特別嚴重，一般不需要特別處理。進行食道超聲波內鏡檢查時，醫生需要叮囑患者注意配合醫生進行吞咽動作，以免出現不良反應。另外檢查后不要立即進食，以免食物嗆入氣道，引起窒息。