甲狀腺超聲檢查和CT檢查都是檢查甲狀腺疾病的常用方式，二者的作用各不相同。二者的主要區別在于檢查原理不同、側重點不同、疾病診斷意義不同、價格不同四方面。

1、檢查原理不同：甲狀腺超聲檢查是利用超聲對甲狀腺進行檢查，通過超聲探頭反射，將甲狀腺的形態、大小、囊性或實性部分清楚顯示出來;而CT檢查是通過X射線斷層掃描，對甲狀腺進行檢查;

2、側重點不同：甲狀腺超聲檢查可以通過觀察甲狀腺的大小、形態、邊緣、回聲以及血流信號等，幫助判斷甲狀腺結節的良惡性，但是對甲狀腺結節的診斷作用有限，只能通過觀察甲狀腺結節的大小、形態、邊緣、與周圍組織的關系、血流信號等，進行初步判斷;而CT檢查可以對甲狀腺的整體形態、大小以及邊緣、內部結構進行觀察，還可以發現甲狀腺內是否有結節以及結節的具體部位、大小、數量等，所以對甲狀腺疾病的診斷有重要意義;

3、疾病診斷意義不同：通過甲狀腺超聲檢查可以對甲狀腺的整體情況做出判斷，如果存在病變，可以明確病變的部位、大小以及性質等;而通過CT檢查可以明確判斷甲狀腺結節的具體部位、大小以及與周圍組織的關系等，所以對甲狀腺疾病的診斷有重要意義;

4、價格不同：甲狀腺超聲檢查的價格相對較低;而CT檢查的價格相對較高，因為CT檢查可以對甲狀腺進行橫切處理，所以價格也相對較高。

除了上述區別以外，二者的操作流程也存在差異，如甲狀腺超聲檢查需要在患者脖子上涂抹耦合劑，通過使用探頭對甲狀腺進行掃查，而CT檢查需要患者在醫生指導下采取仰臥位，將頭部充分暴露，通過X射線掃描進行檢查。