超聲檢查發現胎兒有染色體異常，可能是遺傳因素導致，也可能是受精卵形成的時間晚、胎兒染色體異常導致，需根據不同情況進行分析。

1、遺傳因素：如果父母雙方或其中一方有染色體異常，在懷孕時就可能遺傳給胎兒，導致胎兒的染色體異常。這種情況下沒有很好的治療方法，建議在懷孕期間進行羊水穿刺，明確胎兒是否存在染色體異常;

2、受精卵形成的時間晚：如果受精卵形成的時間晚，就可能沒有羊水或羊水含量多，胎兒在宮腔內的活動范圍也比較小，這種情況下進行超聲檢查就可能會出現看不清胎兒的染色體情況。建議在懷孕期間按時進行產檢，如果發現胎兒有染色體異常，在必要時需終止妊娠;

3、胎兒染色體異常：還有一種情況與胎兒本身的染色體異常有關，如21-三體綜合征，是由于染色體異常導致的先天性愚型，會導致胎兒發育遲緩、智力低下，超聲檢查可發現胎兒有明顯的頸項透明度降低、鼻骨不發育、心臟畸形等情況，建議在孕中期進行羊水穿刺，明確胎兒是否存在染色體異常;

4、其他原因：女性在孕早期服用影響胎兒發育的藥物，如米非司酮、米索前列醇等，可能會導致胎兒染色體異常，超聲檢查時可發現胎兒有明顯的頸項透明度降低等情況，建議遵醫囑停用藥物或進行人工流產。

如果超聲檢查發現胎兒有染色體異常，建議在醫生指導下終止妊娠。孕婦在孕期要進行唐氏篩查、四維彩超檢查、胎兒心臟超聲檢查等，排除胎兒畸形的可能。