通常情況下，進行超聲內鏡檢查有無痛感，與檢查方式、患者自身痛感密切相關。臨床上，多采用無痛超聲內鏡，可以較好地顯示消化道病變，較少產生疼痛感。

1、檢查方式：超聲內鏡是診斷消化道病變較先進的技術手段，較常見的是經口超聲內鏡，通常需要經口進入，從而對整個消化道進行清晰地觀察，能夠較為清晰地顯示病變。而普通內鏡，如胃鏡、腸鏡等，是從肛門進入，通常沒有經過陰道，所以檢查過程中一般不會產生疼痛感;

2、患者自身痛感密切相關：如果患者對疼痛較為敏感，進行超聲內鏡檢查時，會出現惡心、反胃等不適癥狀。此外，如果患者存在一些基礎疾病，如糖尿病、高血壓等，在檢查過程中可能會出現控制不住的血液流出等情況，從而導致檢查過程中出現疼痛感。

超聲內鏡技術已經發展得較為成熟，較之前所采用的是生理鹽水作為胃鏡、腸鏡的介入劑，通常會在檢查前通過口服造影劑使胃腸道清晰地觀察病變。由于造影劑不具有明顯的刺激性，所以大多數患者不會出現不適感。此外，超聲內鏡的圖像較為清晰，可以看清管壁上較小的結節、息肉等黏膜隆起性病變，如果存在上述情況，通常可以進行初步診斷。